Jego prawdziwe imię to Nagato. Pochodzi z wioski Deszczu (Ame). Podczas wojny z wioską Konoha stracił rodziców, co wywarło ogromny wpływ na chłopca. Wraz z innymi sierotami, Konan i Yahiko, postanowił nauczyć się technik ninja. Ich nauczycielem został Jiraiya. Trening trwał trzy lata. W tym czasie uaktywnił się jego kekkei genkai Rinnegan (oczy Samsary). Poznaliśmy tylko efekty jego mocy: zmasakrowane ciało jednego ninja z Iwagakure. Za młodu Pein był bardzo płaczliwym i nieśmiałym dzieckiem. Czuł się zagubiony, aż do rozmowy z sensei Jiraiya, który mówił mu o dorastaniu. Po jego odejściu, wieści o dzieciach przestały dochodzić do niego i uznał iż nie żyją.

Oryginalnie Pein był długowłosym brunetem z zasłoniętymi przez grzywkę oczyma. Teraz posiada maszynę z sześcioma ciałami, przez którą może transferować swój umysł. Każde z ciał ma inne zadanie. Pierwsze ciało, które pierwotnie należało do Yahiko służy do kontaktowania się z innymi członkami organizacji oraz potrafi kontrolować pogodę. Ciało z długim końskim ogonem zostało użyte podczas walki. Podczas walki z Jiraiyą zostało wykorzystane do przyzwania pozostałych ciał. Grube zostało wykorzystane do zaabsorbowania ataków i obrony. Chude z długimi włosami jest adeptem Taijutsu. Kiedy Jiraiya pozornie pokonał trzy ciała Peina, pojawiły się trzy następne i ożywiły je oraz pozbawiły sannina lewej ręki. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki zostały ukazane, jako "Sześć Ścieżek Peina" - Pein Rikudō). Imię Pein jest wspólne dla wszystkich sześciu ciał. Ostatkiem sił Jiraiya zabił ciało z długim końskim ogonem i odkrył że wszystkie te ciała spotkał niegdyś, gdy jeszcze były normalnymi osobami. Pozostałe ciała dopadły Sannina, gdy próbował uciekać i zabiły go. Chwilę później pojawił się Zetsu, który stwierdził że gdyby Jiraiya odkrył sekret Peina, to on byłby zwycięzcą. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki łączą trzy elementy: